Федеральная аэронавигационная служба образована в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 5 сентября 2005 года № 1049.
Руководство Федеральной аэронавигационной службой осуществляет Правительство Российской Федерации. Служба является специально уполномоченным федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим следующие функции: государственное регулирование, контроль и надзор в сфере использования воздушного пространства Российской Федерации; оказание государственных услуг по аэронавигационному обслуживанию пользователей воздушного пространства Российской Федерации; организация единой системы авиационно-космического поиска и спасания; управление государственным имуществом, лицензирование и сертификация в установленной сфере деятельности (в том числе сертификация типов систем и средств радиотехнического обеспечения полетов и управления воздушным движением, а также их производства); установление ставок сборов за аэронавигационное обслуживание и порядка их взимания, распоряжение средствами от указанных сборов; выдача разрешений на транзитные полеты иностранных воздушных судов через воздушное пространство Российской Федерации и на пересечение ими государственной границы Российской Федерации.